Guardiola je Bayern vodio nakon slavne epizode na klupi Barcelone, od 2013. do 2016. godine, te je s Bavarcima osvojio tri uzastopna naslova prvaka Njemačke, dva Kupa Njemačke, Superkup Europe i Svjetsko klupsko prvenstvo. Kao i u svakom klubu, Pep je i u Bayernu ostavio traga.
No, jednim je potezom Guardiola prevario i izdao vodstvo Bavaraca, a istina je otkrivena tek devet godina kasnije. Naime, Bayern je planirao kupiti Kevina De Bruynea koji je tada igrao za Wolfsburg. Mnogi su klubovi pratili De Bruynea, da bi 2015. godine za 76 milijuna eura prešao u Manchester City. Transfer je realiziran godinu dana prije nego što će Guardiola doći u Manchester City.
Bivši igrač Manchester Cityja, Fernandinho, objasnio je da je Pep zapravo spriječio De Bruyneov transfer u Bayern, kako bi ga "gurnuo" u redove kluba kojeg će godinu dana kasnije preuzeti.
- Guardiola je bio u Bayernu, De Bruyne u Wolfsburgu. Bayernov skautski odjel rekao je ‘Pomno promatramo ovog igrača. Što misliš da odemo po njega?‘ A Pep je rekao ‘Ne, ne. Ne želim ga. Mislim da se ne uklapa u našu ekipu‘. Prolazi godina: De Bruyne prelazi u Man City. Još jedna godina prolazi: Guardiola dolazi u City. Razumijete li sve? Pep je znao da ide u City i poslao je De Bruynea tamo - kazao je Fernandinho u "Denilson Show" podcastu.
Iz Bayerna to demantiraju i tvrde da je transfer De Bruynea spriječen jer jednostavno nisu tada mogli platiti toliko novca. Michael Reschke, tadašnji tehnički direktor Bayerna, komentirao je Fernandinhove izjave:
- To je potpuna besmislica. Istina je da smo se bavili transferom Kevina de Bruynea. Na kraju to nije bilo izvedivo iz ekonomskih razloga. Pep Guardiola uopće nije bio uključen u ovu odluku.