Šefovi tajne službe MUP-a Srbije ipak su krivi i za zločine u Hrvatskoj: u konačnoj presudi Jovica Stanišić i Franko Simatović proglašeni su krivima i kao sudionici u udruženom zločinačkom pothvatu srpskih snaga na čelu sa Slobodanom Miloševićem, čiji je cilj bilo etničko čišćenje u Hrvatskoj i BiH 1991-1995 radi stvaranja nove srpske države na razvalinama Jugoslavije.
Kazna im je povećana sa 12 na 15 godina zatvora, no važnije od toga je što je Žalbeno vijeće tijela koje je naslijedilo Haaški sud uvažilo argumente tužitelja da Stanišić i Simatović trebaju biti odgovorni i kao članovi udruženog zločinačkog pothvata, kao ključna veza političkog vrha Srbije i paravojnih postrojbi. U presudi iz 2021. proglašeni su krivima samo za zločine "Arkanovaca" u Bosanskom Šam...